Hybriden Alfa er i livsfare etter at hun klarte å rømme fra dem som har skapt henne. Vokterne beskytter henne, og har derved også fått mektige fiender. Men det hindrer dem ikke fra å prøve å finne ut mer om hvem og hvor fienden virkelig er.
Vokternes fiende er en grøsser i X-files stil om møte med onde krefter og ukjente makter. Boken er en fortsettelse av Vokterne og Vokternes hemmelighet.