Misjonæren Rose Sayer flykter fra tyskerne i Belgisk Kongo under den første verdenskrig. Den fordrukne skipperen Charlie Allnut hjelper den prektige Rose med å komme vekk fra farene på hans medtatte gamle dampbåt, "Afrikadronningen". Paret er hverandres motsetninger og er fra første sekund fiendtlig innstillt til hverandre. Men de tvinges til å samarbeide mot ytre farer og fiender.
