Høyere enn himmelen er en film om vennskap og kjærlighet, ubrukt og innestengt kjærlighet. Mari er ei sur og tverr jente på tolv år. Hun liker ikke kroppen sin, hun liker ikke familien sin, hun har ingen venner, hun er misfornøyd med det meste. Frøken Kjær er lærer på skolen der Mari går. Hun er like sur og sint som Mari. Etter skolens sommeravslutning oppstår det etter hvert et vennskapsforhold mellom disse to. Vi blir bedre kjent med Mari og får et innblikk i frøken Kjærs liv. Gradvis avdekkes årsaken til frøken Kjærs sære oppførsel. Filmen bygger på Klaus Hagerups bok med samme tittel.