Det er begynnelsen av 1900-tallet. I en liten svensk by får vi følge familien Ekdahl som domineres av en rik enke og hennes tre sønner. Sønnen Oscar driver sammen med sin kone Emelie, det lokale teateret. Paret har to barn; Fanny og Alexander.
Når Oscar dør en tidlig død, gifter hans enke seg med biskopen i byen og flytter med barna til hans spartanske og strenge hjem. Et helt nytt liv venter Fanny og Alexander, og vi får følge dem og resten av familien gjennom sorg og glede, lys og mørke, i Bergmans prisbelønnede film.