«Ikke en lyd var å høre fra landsbyen. Veien og husene glødet hvitt under den blendende middagssolen. Alt var øde, bare de medtatte rønnene kastet sine skygger over veien. Ikke et menneske var å se, selv bikkjenes gneldring hadde stilnet, og det var som om hele Tomogi ved et trylleslag var forvandlet til en øde ruin. En fryktelig taushet lå over landsbyen. Jeg ba til Gud av all makt. Jeg vet at vi ikke skal be om verdslig lykke og velferd, likevel kunne jeg ikke annet enn å be til Gud om at Han snarest måtte heve denne fryktelige tausheten.» «Taushet» er fortellingen om Sebastião Rodrigues, en idealistisk jesuitt-prest fra Portugal, som i 1660 setter seil mot Japan, fast bestemt på å hjelpe landets brutalt undertrykte kristne minoritet, og med en naiv overbevisning om at han er helten i en kristen allegori: En Jesus-skikkelse på vei for å hjelpe de trengende. Men i møte med den grusomme forfølgelsen av de kristne i Japan, blir han nødt til å revurdere sitt forhold til troen. tvil.
Året er 1660, og den portugisiske jesuitt-presten Sebastião Rodrigues reiser til Japan med ett mål for øyet, nemlig å hjelpe landets brutalt undertrykte kristne minoritet. Presten er hellig overbevist om at han er helten i en kristen allegori: Jesus-skikkelsen på vei for å bistå de trengende. Men vel fremme i Japan konfronteres han med den grusomme forfølgelsen de kristne utsettes for, noe som endrer hans brennende tro til smertefull tvil.
